1. Phòng Công giáo.

2. Phòng Phật giáo.

3. PhòngTin lành.

4. Phòng Cao đài.

5. Phòng Tín ngưỡng và Tôn giáo khác.

6. Phòng Tổ chức cán bộ và Quan hệ quốc tế.

7. Phòng Thanh tra - Pháp chế .

8. Văn phòng.

9. Viện Nghiên cứu chính sách Tôn giáo.

10. Trung tâm Thông tin và Truyền thông.

11. Nhà Xuất bản Tôn giáo.

Các đơn vị quy định từ khoản 1 đến khoản 8 là các đơn vị hành chính giúp Trưởng ban thực hiện nhiệm vụ quản lý nhà nước; các đơn vị quy định từ khoản 9 đến khoản 11 là các đơn vị sự nghiệp công lập phục vụ chức năng quản lý nhà nước của Ban Tôn giáo Chính phủ.