Tuy nhiên, toàn bộ kiến trúc ngôi chùa cổ đã bị giặc Minh sang xâm lược tàn phá vào đầu thế kỷ XV. Đến các triều đại Hậu Lê, nhà Mạc, nhà Nguyễn, chùa Đọi Sơn đã được xây dựng và tu tạo liên tục, dần dần được khôi phục cả về kiến trúc cũng như vị trí vốn có. Tháng 3/1947, thực dân Pháp đã đốt chùa Đọi Sơn, một lần nữa ngôi chùa cổ kính này lại bị tàn phá. Sau ngày hòa bình lập lại ở miền Bắc, chính quyền cùng nhân dân địa phương đã trùng tu lại ngôi chùa. Lần sửa chữa lớn vào năm 1958 đã hoàn tất những công trình chính tại đây.

Đầu những năm 2000, chùa tiếp tục tu bổ, tôn tạo xây dựng mới một số công trình để bảo đảm phục vụ việc bảo vệ và phát huy giá trị di tích. Hiện tại, chùa còn lưu giữ được tấm bia Sùng Thiện Diên Linh - tấm bia được dựng khi khánh thành ngôi chùa vào thời Lý. Đây là tấm bia duy nhất cung cấp tương đối đầy đủ những thông tin quý hiếm về lịch sử, kiến trúc, mỹ thuật và sự phát triển của Phật giáo vào thời Lý.

Lễ hội chùa Long Đọi Sơn được tổ chức hằng năm vào ngày 21 tháng 3 âm lịch và đã trở thành một nét văn hóa tín ngưỡng lâu đời của người dân xã Đọi Sơn nói riêng, huyện Duy Tiên nói chung. 

Với những giá trị lịch sử văn hóa và vẻ đẹp vừa uy nghi, cổ kính, ngày 25/12/2017, Thủ tướng Chính phủ đã ký quyết định số 2028/QĐ-TTg xếp hạng Di tích lịch sử và kiến trúc nghệ thuật chùa Đọi Sơn, huyện Duy Tuyên tỉnh Hà Nam là Di tích quốc gia đặc biệt.

Tại buổi lễ, bà Đặng Thị Bích Liên, Thứ trưởng Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch đề nghị tỉnh Hà Nam triển khai lập quy hoạch tổng thể bảo tồn di tích làm cơ sở cho việc bảo vệ và phát huy giá trị di tích lâu dài.

Ban Quản lý Di tích triển khai việc cắm mốc giới bảo vệ di tích, kiện toàn bộ máy quản lý bảo vệ kiến trúc và các hiện vật an toàn tuyệt đối; tổ chức tuyên truyền sâu rộng hơn nữa giá trị lịch sử văn hóa, khoa học và thẩm mỹ của di tích; xây dựng kế hoạch tu bổ tôn tạo các hạng mục di tích hiệu quả nhất; duy trì nghi thức, nghi lễ lễ hội truyền thống và không gian văn hóa liên quan đến di tích... 

Thứ trưởng Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch lưu ý tỉnh Hà Nam cần phát huy giá trị của các lễ hội tiêu biểu của địa phương gắn với tham quan du lịch, kết nối, tạo nên các tour du lịch nhằm phát triển kinh tế du lịch trong vùng./. 

VB tổng hợp (nguồn TTXVN và Chinhphu.vn)