Căn cứ vào các nguồn sử liệu và văn bia tại chùa cho biết, năm 1630, thiền sư Chuyết Chuyết một vị cao tăng tổ sư thứ 34 của thiền phái Tế Lâm cùng đệ tử là Minh Hành tới kinh thành Thăng Long truyền giáo. Sau thời gian ở kinh thành, thiền sư Chuyết Chuyết chọn Xứ Kinh Bắc làm địa bàn chính để giảng đạo. Khi tới chùa Bút Tháp một ngôi chùa có lịch sử lâu đời, địa thế đẹp và cũng là nơi thiền sư Huyền Quang vị tổ sư thứ ba của thiền phái Trúc Lâm từng tu hành nhưng đang trong cảnh hoang tàn, ông đã có nguyện vong tu sửa ngôi chùa. Năm 1642, được sự hỗ trợ kinh phí của thành viên hoàng tộc chính quyền vua Lê - chúa Trịnh, thiên sư Chuyết Chuyết đứng ra xây dựng chùa Bút Tháp. Tuy nhiên, hai năm sau thiền sư Chuyết Chuyết viên tịch việc trùng tu xây dựng được giao lại cho thiến sư Minh Hành. Hầu hết các công trình đồ sộ, các mảng điêu khắc gỗ đá cầu kỳ, những bức tượng quý của chùa Bút Tháp đều do thiền sư Minh Hành chỉ đạo thực hiện. Năm 1659, thiền sư Minh Hành viên tịch khi việc trùng tu tôn tạo chùa Bút Tháp cơ bản được hoàn thành.

Năm 1660, Hoàng Thái hậu Trịnh Thị Ngọc Trúc cho xây dựng tháp Tôn Đức để đặt xá lợi và tôn thờ đức cao tăng Minh Hành. Toàn bộ ngôi tháp được dựng bằng đá xanh gồm 5 tầng tháp và phần chóp mái với chiều cao hơn 11m. Tháp cấu trúc hình vuông thuôn nhỏ dần phía trên, đặt trên nền lát đá hình vuông có kích thước 3,56m x 3,56m. Phần chân đế tháp có hai bệ sen được chạm khắc theo kiểu nhìn nghiêng, cách điệu. Hai tầng bệ, cánh sen này được đặt ngược chiều nhau, ở giữa là một khối vuông đứng thành bốn góc, đế tháp chạm bốn gióng trúc. Nhìn toàn bộ phần đế ta thấy như một đài sen vuông nâng đỡ các tầng tháp.

 Tại tầng một của tháp có một khám thờ, trong có đặt tượng Thiền sư Minh Hành bằng đá ngồi trên đài sen vuông. Trần khám có một phiến đá chạm trổ cầu kỳ, họa tiết hình mặt trời ở chính giữa, xung quanh là các đao lửa và vân xoắn giao nhau như biểu tượng của bầu trời đầy mây.

Phân cách các tầng là những diềm mái được tạo bởi các thanh được đẽo vát hai đầu rất khéo giống như những đầu đao. Từ tầng ba trở lên, ở góc mũi đao có lỗ để treo chuông khánh. Mặt chính diện ở tầng 2 có chạm tên tháp và niên đại dựng tháp theo lối viết từ trên xuống. Ở tầng ba, có bốn mặt đều có biển chữ Phật khắc bằng chữ Hán khổ lớn, nét chữ đẹp, cân đối. Ba tầng trên tiếp theo không có trang trí. Đỉnh tháp là một bầu nước cam lồ đặt trên một khối trụ hình chóp nón cụt. Trên thân tháp, ở mặt sau khắc bài văn bia “Sắc dựng tháp Tôn Đức”. Nội dung bài văn khắc cho biết được tháp dựng để thờ Chính Giác Đại đức thiền sư hóa thân bồ tát, pháp danh Minh Hành. Ngoài ra, văn bia ghi chép về những người có công góp ruộng, tiền cúng vào chùa xây tháp.

Năm 2009, tháp Tôn Đức bị xuống cấp đã địa phương tiến hành tu bổ. Trong quá trình thực hiện đã phát lộ trong lòng tháp 2 cuốn kinh bằng đồng.  Kích thước sách rộng 14cm x 24,5cm. Quyển thứ Nhất 23 trang bia ghi dòng chữ Hán tên là “Nam mô Đại Phương Quảng Phật Hoa Nghiêm kinh Hoa Nghiêm Hải Hội Phạt Bồ tát”. Quyển thứ Hai với 33 trang ghi rõ “Kim Cương Bát nhã ba la mật kinh”. Qua nghiên cứu, các nhà khoa học cho rằng hai quyển sách đồng có niên đại năm 1660 là vật tuy táng cho thiền sư Minh Hành. Nội dung với nhiều thần chú ngữ trong nhiều bản kinh dùng trong các thời khóa tụng trong hành trì của chư tăng nhằm cầu vãng siêu trong tương quan Thiền - Tịnh - Mật của Phật giáo Lâm Tế. Đây là những sách đồng rất hiếm và có niên đại cổ nhất được phát hiện ở Việt Nam.

Trải qua hơn ba thế kỷ tồn tại, tháp Tôn Đức vẫn hiên ngang trước tác động của thiên nhiên, sự biến động của lịch sử trên mảnh đất này. Thông qua việc nghiên cứu công trình kiến trúc độc đáo tháp Tôn Đức giúp cho chúng ta có những cứ liệu xác đáng về kỹ thuật xây dựng đá, những hoa văn chạm khắc phản ánh nghệ thuật thời Lê - Trịnh một giai đoạn văn hóa của người Việt phát triển đến đỉnh cao. Đúng như nhận định của nhà điêu khắc Lê Đình Quý đánh giá “Tháp Tôn Đức tuy không cao, đẹp, tỷ mỷ như tháp Báo Nghiêm, nhưng ý nghĩa lịch sử và mỹ thuật đặc sắc cũng đáng để nghiên cứu nhằm soi tỏ những bí mật thuở xưa”.

Nguyễn Văn Luyện, Ban Quản lý di tích tỉnh Bắc Ninh